Fauna CHKO Litovelské Pomoraví patří především k typickým zástupcům společenstev řek, jezer, periodických a stálých tůní, litorálu, mokrých luk a především lužních lesů. V západní a severní části CHKO (tj. oblast Doubravy a Třesína) nalezneme zástupce společenstev sušších doubrav. Výrazný vliv na faunu má okolní intenzivně obhospodařovaná zemědělská krajina. Projevuje se především invazí řady stepních a lesostepních prvků, které se šíří s odlesňováním a vysušováním nivy 
i do původních, přirozených lesních společenstev. Velký vliv na složení fauny má i nitrifikace a intoxikace v zemědělství používanými látkami, a znečištění vod.